Im grünem Schild ein silberner schrägrechter Wellenbalken, rechts unten begleitet von einer goldenen Ähre. Links oben von einer goldenen Fahne, deren links abfliegendes Fahnenblatt ein schwarzes Kreuzchen zeigt, die Spitze der Fahnenstange ziert ein Kreuz.

Der Kreuzstab gilt als Attribut des heiligen Johannes des Täufers. Der schrägrechte Wellenbalken steht für den zweiten Teil des Ortsnamens, nämlich für Saggautal bzw. für den Fluß selbst. Die goldene Ähre ist Sinnbild für die Fruchtbarkeit des Bodens und den Fleiß der Bevölkerung. 

Durch die Darstellung des Hl. Johannes des Täufers im Saggautal, begleitet von einer Ähre, die die Eigenschaft der Landschaft und der Bewohner wiederspiegelt, ist das Gemeindewappen von St. Johann im Saggautal ein Zeichen für alle und alles, was in dieser Gemeinde lebt, blüht und gedeiht, unverwechselbar verschieden, wie jedes Fleckchen in unserer Erde.